Nguồn gây ô nhiễm hệ thống sông Sài Gòn - Đồng Nai đang dịch chuyển từ hạ nguồn lên thượng nguồn do sự xuất hiện của nhiều dự án có khả năng gây ô nhiễm môi trường như dệt nhuộm, chăn nuôi, thuốc bảo vệ thực vật, xi mạ, giấy.
Tình trạng thiếu sự phối hợp giữa các địa phương trong việc cấp phép...