Nguồn gây ô nhiễm hệ thống sông Sài Gòn - Đồng Nai đang dịch chuyển từ hạ nguồn lên thượng nguồn do sự xuất hiện của nhiều dự án có khả năng gây ô nhiễm môi trường như dệt nhuộm, chăn nuôi, thuốc bảo vệ thực vật, xi mạ, giấy.
Tình trạng thiếu sự phối hợp giữa các địa phương trong việc cấp phép cho các dự án có khả năng gây ô nhiễm cao, rất nhiều trại chăn nuôi từ thành phố Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai được dời lên những vùng cao hơn. TPHCM thực hiện chương trình di dời các cơ sở ô nhiễm từ nội thành lên huyện Củ Chi, Hóc Môn ...
Các địa phương đã không có sự phối hợp dẫn đến di dời nguồn gây ô nhiễm từ chỗ này sang chỗ kia, từ hạ nguồn lên thượng nguồn, có những dự án xin đầu tư ở TPHCM bị gạt do gây ô nhiễm lại xin đầu tư tại Đồng Nai, Bình Dương nhưng cũng không được tiếp nhận cuối cùng chạy lên Bình Phước, Tây Ninh. Điều này cho thấy trên cùng một hệ thống sông thì địa phương này từ chối dự án sản xuất gây ô nhiễm nhưng chỗ khác lại tiếp nhận
Chất lượng nước sông Sài Gòn bị suy giảm và ô nhiễm đáng báo động bởi các nguồn thải như nước thải sinh hoạt, nước thải bệnh viện, nước thải công nghiệp, rò rỉ dầu từ hoạt động giao thông, bãi chôn lấp rác và hoạt động nông nghiệp. Trong đó, nước thải sinh hoạt là nguồn gây ô nhiễm đáng kể nhất, chiếm 62,2% tổng lưu lượng thải ra sông Sài Gòn - Đồng Nai. Đoạn chảy qua địa phận Bình Dương, khu vực Lái Thiêu, tình trạng nguồn nước cũng đang bị ô nhiễm nặng vì phải tiếp nhận nước thải từ hoạt động các nhà máy gốm sứ, gạch và các quán nhậu ven sông. Hầu hết các điểm sản xuất kinh doanh này đều xả tất cả những gì dư thừa ra sông Sài Gòn. Nồng độ chì trong mỗi đợt lấy mẫu xuất hiện rải rác một số nơi với số lượng thấp. Riêng vị trí trạm bơm Hòa Phú nồng độ chì vượt quy chuẩn 2,4 lần.
Dự kiến đến năm 2020, lưu vực sông Sài Gòn - Đồng Nai có 218 khu công nghiệp, tăng gấp đôi so với con số 103 khu công nghiệp hiện nay, nhưng có rất nhiều khu công nghiệp chưa có hệ thống xử lý nước thải tập trung.
Tình trạng thiếu sự phối hợp giữa các địa phương trong việc cấp phép cho các dự án có khả năng gây ô nhiễm cao, rất nhiều trại chăn nuôi từ thành phố Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai được dời lên những vùng cao hơn. TPHCM thực hiện chương trình di dời các cơ sở ô nhiễm từ nội thành lên huyện Củ Chi, Hóc Môn ...
Các địa phương đã không có sự phối hợp dẫn đến di dời nguồn gây ô nhiễm từ chỗ này sang chỗ kia, từ hạ nguồn lên thượng nguồn, có những dự án xin đầu tư ở TPHCM bị gạt do gây ô nhiễm lại xin đầu tư tại Đồng Nai, Bình Dương nhưng cũng không được tiếp nhận cuối cùng chạy lên Bình Phước, Tây Ninh. Điều này cho thấy trên cùng một hệ thống sông thì địa phương này từ chối dự án sản xuất gây ô nhiễm nhưng chỗ khác lại tiếp nhận
Chất lượng nước sông Sài Gòn bị suy giảm và ô nhiễm đáng báo động bởi các nguồn thải như nước thải sinh hoạt, nước thải bệnh viện, nước thải công nghiệp, rò rỉ dầu từ hoạt động giao thông, bãi chôn lấp rác và hoạt động nông nghiệp. Trong đó, nước thải sinh hoạt là nguồn gây ô nhiễm đáng kể nhất, chiếm 62,2% tổng lưu lượng thải ra sông Sài Gòn - Đồng Nai. Đoạn chảy qua địa phận Bình Dương, khu vực Lái Thiêu, tình trạng nguồn nước cũng đang bị ô nhiễm nặng vì phải tiếp nhận nước thải từ hoạt động các nhà máy gốm sứ, gạch và các quán nhậu ven sông. Hầu hết các điểm sản xuất kinh doanh này đều xả tất cả những gì dư thừa ra sông Sài Gòn. Nồng độ chì trong mỗi đợt lấy mẫu xuất hiện rải rác một số nơi với số lượng thấp. Riêng vị trí trạm bơm Hòa Phú nồng độ chì vượt quy chuẩn 2,4 lần.
Dự kiến đến năm 2020, lưu vực sông Sài Gòn - Đồng Nai có 218 khu công nghiệp, tăng gấp đôi so với con số 103 khu công nghiệp hiện nay, nhưng có rất nhiều khu công nghiệp chưa có hệ thống xử lý nước thải tập trung.